出席十届全国人大五次会议的吴云贵代表提出，鉴于宗教学在研究对象、研究方法、研究宗旨上明显有别于哲学，建议将二者分离，宗教学学科单立。
吴云贵说，改革开放以来，宗教学作为一个新兴的人文学科，在学科建设上取得了显著成就，但由于种种原因，也存在不少困难和问题。一个亟待解决的问题是在我国高校系统中设立独立的宗教学学科问题。关于这个问题，目前在我国教育界、学术界有两种不同的认识和做法。在中国社科院及地方社科院系统，宗教学是作为独立学科设立的，在国家社科基金办发布的课题指南中也是作为独立学科对待的。而在部分开设宗教学系的高校中，在国务院学位办主持的博士点、硕士点授予工作中，宗教学则被视为哲学的二级学科对待，不仅下达的指标额相对较少，而且在通讯评估和专家组评议工作中往往是由那些因专业分工不同、并不熟悉宗教学的专家学者进行，结果实难作到客观公正。